Σαν σήμερα 28 Αυγούστου το 2001,το 2001 ο μακαριστός αρχιεπίσκοπος Χριστόδουλος ανακοινώνει ότι 3.000.000 πολίτες ψήφισαν υπέρ της αναγραφής του θρησκεύματος στις ταυτότητες, στο άτυπο δημοψήφισμα που διενήργησε η Εκκλησία της Ελλάδος.
Ο Αρχιεπίσκοπος Χριστόδουλος με το λόγο του προκάλεσε αντιδράσεις. Σχολιάσθηκε θετικά, αλλά και αρνητικά. Δύο μεγάλα γεγονότα σημάδεψαν τα πρώτα χρόνια της ποιμαντορίας του: η σύγκρουση με την κυβέρνηση Κ. Σημίτη για την αναγραφή του θρησκεύματος στις ταυτότητες, που άρχισε την άνοιξη του 2000 και απασχόλησε για περίπου δύο χρόνια την κοινή γνώμη, ενώ αμέσως μετά άρχισε και η κρίση με το Οικουμενικό Πατριαρχείο που κράτησε ως το 2004 και έληξε μετά την παρέμβαση της υπουργού Παιδείας Μαριέττας Γιαννάκου.
Πολύ γρήγορα, όλοι μιλούσαν για τον Αρχιεπίσκοπο, που καλούσε τη νεολαία να πλησιάσει την Εκκλησία, «ακόμα και με το σκουλαρίκι», ζητούσε συγγνώμη από τους νέους για όσα δεν έγιναν από τους μεγαλύτερους, ενώ άρχισε αμέσως να ασχολείται με την αναζωογόνηση όλων των υπηρεσιών της Εκκλησίας και κυρίως του φιλανθρωπικού τομέα.